康熙四年（1665年），杨光生升为监正。他把监内懂西学的监官剪除净尽。他说：“汤若望之历法，件件悖理，件件舛谬”，认为西学是“左道之学”，西人“所著之书，所行之事，靡不悖理叛道”[36]。他从传统立场出发说：“臣监之历法，乃尧舜相传之法也。皇上所正之位，乃尧舜相传之位也。南怀仁，天主教之人也，焉有法尧舜之圣君，而法天主教之法也？南怀仁欲毁尧舜相传之仪器，以改西洋之仪器”，“使尧舜之仪器可毁，则尧舜以来之诗书礼乐，文章制度皆可毁也”[37]。基于此，他提出极端保守的主张：“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。无好历法，不过如汉家不知合朔之法，日食多在晦日，而犹享四百年之国祚；有西洋人，吾惧其挥金以收拾我天下之人心，如厝火于积薪之下，而祸发之无日也。”[38]
南怀仁像
清初也有不少学者对中学和西学的碰撞采取批判继承的态度。他们不盲目崇拜西学，也不一味地尊信中国传统历法，而是以理性的态度弃其糟粕，取其精华，走兼采融合之路。其代表人物有薛风祚、方以智、王锡阐、梅文鼎等。
薛风祚最初从魏文魁学习天文历法，但不墨守师法。不久，他又师从耶稣会士穆尼阁，潜研西法。他认为西法有其长处，但也有不足，反对盲目自大、对西学一概采取拒斥的守旧思想。他说：“中土文明礼乐之乡，何讵遂逊外详？然非可强调饰说也。要必先自立于无过也，而后吾道始尊。此会通之不可缓也。”[41]强调走会通中西之路。