从积极的角度看，各类机构的飞速发展，有效地弥补了政府资源的不足，缓解了需求与供给的巨大矛盾，给孤军奋战的广大家长带来信心和努力的方向。但是，由于发展初期在认识和理念上还有很多误区，加上政府扶持、引导与管理的缺位，各类机构在发展过程中遇到了很多困难和问题：
1．登记混乱
据2009年的调查，59.8%的机构登记为非营利型机构，20.5%登记为工商企业，还有相当数量的机构没有进行任何登记。
2．管理不规范
目前约90%的训练机构是自闭症儿童的父母自己筹办的。与此同时，从事这方面特殊教育的师资力量及经费也都严重匮乏，机构经营举步维艰。比较系统规范且有一定规模的只有少数的几家，且方法各异，大多数机构是小作坊式的，缺乏专业的指导和资金支持以及专业的管理人才和管理经验，对自闭症的整体治疗效果不尽如人意。亟待政府相关机构能够加大资源投入和行业的规范以及优化[34]。而即使登记为非营利性质的机构收费标准也各不相同，恪守理念与规范管理的情况参差不齐。
3．机构运营困难
