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1900年，中国爆发义和团爱国运动。山县有朋认为这是侵略中国的良机，伙同俄、法、英、美、德、奥、意等国大举侵犯我国，日本充当急先锋。8月，八国联军侵占北京时总兵力有3.2万人，其中日军就占1.2万人，扮演了“远东宪兵”的可耻角色，对中国人民犯下了滔天罪行。
1900年9月，伊藤博文组成政友会，与山县有朋相对抗，山县内阁不得不于10月总辞职。
山县有朋辞职后，以元老自居，继续左右日本国内外政策，并于1901年提出所谓“东洋同盟论”。在他的推动下，翌年签订了《日英同盟条约》，目的是为了对抗俄国南下，与俄国争夺在朝鲜和中国的所谓“利益”，他还推荐积极主张扩张的桂太郎接任伊藤组阁。1904年，终于挑起了日俄战争。同年4月，山县有朋作为参谋总长和兵站总监，亲自制定作战计划，指挥日军与俄军作战，并先后侵占我国东北辽南地区，给中国人民带来巨大灾难。
1905年12月起，山县有朋任枢密院议长，并于1907年9月晋升为公爵。1909年10月伊藤死后，山县有朋成为日本最有权势的元老首领，对每届内阁组阁和重大内政外交问题均发表有影响的意见。1910年，在他参与策划下，签订了吞并朝鲜的《日韩合并条约》。
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